Vier Monate später erwacht Dean unter der Erde und schaufelt sich wortwörtlich aus seinem eigenen Grab. Sein Körper ist unversehrt, so, als sei nie etwas geschehen, lediglich ein Handabdruck ziert wie ein Brandmal seine linke Schulter. Sofort macht er sich auf, seinen Bruder Sam zu finden, da er nichts Gutes ahnt. Wie sonst sollte er wieder am Leben sein, wenn Sam dafür nicht seine eigene Seele geopfert hat? Doch als die Brüder sich schließlich wieder gegenüber stehen, bestätigt sich Deans Vorahnung nicht. Sam gesteht zwar, dass er diversen Dämonen einen Deal in den vergangenen Monaten angeboten hatte, aber keiner wollte ihn annehmen. Keiner hatte die Macht, Dean aus der Hölle zurück zu holen.

Nun vollends verwirrt und auch sichtlich verängstigt, soll die Hellseherin Pamela Kontakt zu jenem aufnehmen, was auch immer Dean wieder auf die Erde geholt hat. Der Schock ist groß, als die Hellseherin schreiend zusammenbricht und ihre Augäpfel komplett ausgebrannt sind. Und selbst die sich in dem Ort versteckt haltenden Dämonen sind verängstigt vor jenem Wesen. Wider aller Vernunft schließlich beschwört Dean mit Bobbys Hilfe jene als Castiel benannte Wesenheit, die sich über alle bekannten Schutzzauber, -zeichen oder Waffen hinwegsetzt, denn Castiel ist kein Dämon.

Castiel entpuppt sich als Engel Gottes, der Dean aus der Hölle befreit hat, da Gott einen Plan für ihn hat. Er verlangt von Dean, dass er mithilfe von Sam Lilith aufhält, die 66 Siegel zu brechen.Diese will damit die Apokalypse auslösen und Lucifer, besser bekannt als Teufel, befreien.Nachdem Sam und Dean ein paar Fälle übernatürlicher Erscheinungen bearbeitet und erfolgreich abgeschlossen haben, kommt auf einmal eine neue Figur ins Spiel, eine angeblich mit denselben Fähigkeiten wie Sam ausgestattete Person, die den Namen Anna trägt. Sie ist am Anfang in einer Anstalt wo sie von einem als Pfleger verkleideten Dämon angegriffen wird, sie kann sich aber befreien, indem sie mit Hilfe einer Art Telekinese einen Schrank auf den Dämon schiebt, sodass sie entfliehen kann. In der Zwischenzeit sind Dean und Sam auf der Suche nach Anna, wobei Ruby, die mittlerweile einen neuen Körper besitzt, ihnen hilft.

Sie war es auch die in der Abwesenheit Deans Sam auf das Leben ohne ihn vorbereiten wollte indem sie Sams Fähigkeiten erweitert und verstärkt hat. Dieser ist dadurch in der Lage, Dämonen aus den Körpern der bessenen Opfer herauszuziehen, wobei die Betroffenen unversehrt bleiben.Nachdem Sam, Dean und Ruby den Aufenthalt Annas herausbekommen haben, machten sie sich sofort auf den Weg dorthin, weil Anna in Gefahr ist. Dort angekommen, finden sie Anna verängstigt in einer Kirche, in der Hoffnung, dass die Dämonen geweihten Boden nicht betreten können. Als Anna die beiden Brüder sieht, spricht sie davon, dass über die beiden Brüder im Himmel oft geredet wird.

Das lässt die beiden Brüder darauf schließen, dass Anna mit den Engeln sprechen kann, was so aber nicht ganz richtig ist, weil sie sie nur hören kann. Dann taucht ein Dämon auf, welcher Anna aus unbekanntem Grund mitnehmen will. Dean versucht ihn mit Rubys Messer zu töten, wobei er ihn auch trifft, aber das Messer hat nicht genug Macht, den Dämon zu töten. Als Dean zusammengeschlagen am Boden liegt, versucht Sam ihn mit seinen Fähigkeiten aufzuhalten, was aber auch nicht gelingt, weil seine Kräfte anscheinend zu schwach sind. Nach dieser Niederlage bleibt den beiden Jungs nur noch die Flucht, welche auch gelingt. Als die beiden dann später im Motel ihre Wunden versorgen, erzählt Sam Dean, dass er in der Abwesenheit seines Bruders oft von Ruby gerettet wurde und ihr deshalb vertraut.

Anna ist in der Zwischenzeit bei Bobby sicher untergebracht. Dort kommen sich Dean und Anna näher. Nach einiger Zeit bekommen sie heraus, dass Anna ein gefallener Engel ist und deshalb von den Dämonen und den Engeln, darunter Castiel, gejagt wird. Später kommt es dann zur Gegenüberstellung der Dämonen, Engel und Anna, wobei Dean, Sam und Ruby anwesend sind. Weil beide Fraktionen Anna haben wollen, kommt es zum Kampf zwischen den beiden, welchen keiner von beiden gewinnt, weil Anna sich ihre „Gnade“ von Uriel zurückholt und wieder zum Engel wird.

Nach diesen Ereignissen erzählt Dean Sam über seinen Aufenthalt in der Hölle. So erwähnt er, dass die vergangenen vier Monate etwa 40 Jahre in der Hölle entsprechen und er davon 30 Jahre lang gefoltert wurde, bis er es nicht mehr aushielt und das Angebot von einem Dämon namens Alastair annahm, selber Seelen zu foltern. Damit bricht Dean dass erste von 66 Siegeln, da wenn ein rechtschaffener Mann in der Hölle Blut vergießt, der Legende zufolge das erste Siegel bricht, was den Dämonen ermöglicht weitere zu brechen um Luzifer zu befreien. Lilith bricht immer mehr Siegel und die Winchester Brüder und die Engel können nur vereinzelt einige vor dem Bruch retten. Uriel entpuppt sich als Verräter der die Engel aus ihrer Besatzung tötet weil er Luzifer aus der Hölle befreien möchte. Es kommt zum Kampf zwischen ihm und Castiel, Uriel wird jedoch im letzten Moment von Anna getötet.

Auf der Suche nach weiteren Spuren vom Lilith entdecken Sam und Dean eine Buchserie namens „Supernatural“ welche ihr Leben als Jäger erzählt. Sie können den Autor Chuck ausfindig machen, welcher sich später als ein Prophet Gottes entpuppt, der von den Engeln beschützt wird. Er prophezeit das Lilith einen ganz besonderen Plan mit Sam hat, sie bietet ihm an ihre Pläne aufzugeben und keine weiteren Siegel zu brechen wenn Sam und Dean ihr Leben dafür opfern. Sam ist bereit dieses Risiko einzugehen wird aber aufgehalten, da Dean mit Chuck einschreitet. Ein Erzengel erscheint zum Schutz des Propheten, da Chuck von Lilith bedroht wird. Im weiteren Verlauf der Serie werden die Brüder von einem Jungen namens Adam Milligan angerufen, der behauptet John Winchesters Sohn zu sein. Dessen Mutter wird vermisst und die Brüder machen sich auf den Weg und stellen mit entsetzen fest, dass Adam wirklich ihr Bruder zu sein scheint. Auf der Suche nach Adams Mutter stoßen sie auf viele kleine Hinweise und finden am Ende heraus, dass der echte Adam und seine Mutter von Ghoulen getötet wurden und diese ihre Gestalt und ihre Gedanken übernommen haben. Sam und Dean gelingt es jedoch die beiden zu töten. Dean besteht darauf, dass der tote Adam wie ein Jäger, verbrannt wird, da er nach allem was passiert ist, schließlich wirklich ihr Bruder war.

Kurz nach diesen Ereignissen taucht Castiel in Deans Traum auf und erzählt ihm, dass er dringend mit ihm reden muss. Am vereinbarten Treffpunkt angelangt, finden Sam und Dean den Körper Castiels und Spuren eines heftigen Kampfes zwischen Engeln. Jedoch ist Castiel nicht mehr in diesem Körper, denn der Mann erinnert sich nur an weniges, untern anderem seinen Namen: Jimmy, dass er eine Familie hat und das Castiel verschwunden ist. Im weiteren Verlauf, haut Jimmy vor den Brüdern ab und geht zu seiner Familie zurück. In Rückblenden erfährt man unter anderem, wie Castiel in Jimmy gekommen ist. Doch das Glück des wiedersehens seiner Familie währt für Jimmy nicht lange, denn schon kurz nach seiner Ankunft tauchen Dämonen bei ihm auf und wollen ihn holen. Sam und Dean tauchen jedoch rechtzeitig auf und können das schlimmste verhindern. Jimmy wird nun klar, dass er nicht mehr bei seiner Familie bleiben kann und geht mit den Brüdern mit. Später erhält er von seiner Frau einen Anruf und man sieht, dass auch die besessen ist. Sie droht damit, seine Tochter zu töten, wenn er nicht alleine zum Lagerhaus kommt. Dort angekommen, werden Sam und Dean von Dämonen geschnappt und von Dämonen festgehalten. Doch dann offenbart Jimmys Tochter ihr wahres ich. In ihr ist Castiel und sie tötet die Dämonen. Nach flehen und betteln verlässt Castiel Jimmys Tochter und geht wieder in Jimmys Körper. Dean, der währenddessen entdeckt hat, dass Sam Blut von den Dämonen getrunken hat, bleibt erstaunlich gelassen und scheint nicht wütend zu sein. Die Brüder werden kurz darauf von Bobby angerufen und sollen kommen, da es ein Dämonenproblem gäbe. Dort angekommen sperren Bobby und Dean, Sam in eine Dämonensichere Zelle.

Dort hat Sam mit dem Entzug des Dämonenblutes zu kämpfen, wodurch er Halluzinationen bekommt (u.A. glaubt er von Alastair gefoltert zu werden und sieht seine Mutter). Bobby bekommt Zweifel, ob Sam den Entzug überleben wird, Dean jedoch will nicht, dass Sam zum Monster wird und würde ihn lieber menschlich sterben sehen als ihn zu dem werden zu lassen, was er sein Leben lang gejagt hat. Um Sam von der Last, Lillith töten zu müssen, zu befreien, unterstellt sich Dean Gott und den Engeln. Allerdings wird Sam wenig später von Castiel freigelassen und versucht zu fliehen. Bobby versucht ihn aufzuhalten, kann es jedoch nicht über sich bringen ihn zu erschießen. Während Dean Sam zu finden versucht, stellt Anna Castiel zur Rede und wird von 2 anderen Engeln weggebracht. Sam trifft sich wieder mit Ruby und trinkt Blut, um sich zu stärken. Als wenig später Dean auftaucht und Ruby zu töten versucht, kommt es nach einem kurzen Gespräch, in dem Dean Sam als Monster bezeichnet, zum Kampf. Sam ist kurz davor, Dean zu erwürgen, lässt jedoch von ihm ab und will gehen. Dean stellt ihn vor die Wahl: geht Sam, dann gibt es kein Zurück mehr. Sam wirft einen letzten Blick auf seinen Bruder, dann verschwindet er.

Dean befindet sich darauf hin in dem sogenannten "Green Room" der von Engeln erschaffen worden ist und jeden Wunsch erfüllt, den Dean den Engeln Zachariah und Castiel mitteilt. Sam begibt sich gleichzeitig zusammen mit Ruby auf die Jagd nach Lilith. Dean erfährt dann von Zachariah, dass er im Green Room festgehalten wird, da Lilith das letzte Siegel brechen soll. Er versucht Sam per Handy zuerreichen, doch es gelingt ihm nur auf die Mailbox zu sprechen. Als Sam auf der Fahrt mitbekommt, dass er eine Mailboxnachricht von Dean hat, beginnt er an Rubys Plan zu zweifeln. Er erfährt durch Folterung eines Dämons, dass Lilith in einer bestimmten Kirche ist und fährt zu dieser. Letztlich kann Dean währenddessen Castiel überreden, ihm aus dem Green Room zu helfen, da er nun weiß, dass das letzte Siegel durch den Tod von Lilith zerbricht. Er versucht Sam aufzuhalten, allerdings verfehlt er sein Ziel, denn Ruby schließt die Tür zur Kammer von Luzifers Grab und Sam tötet Lilith. Als Dean endlich die Tür aufgebrochen hat, tötet er daraufhin Ruby und Sam merkt das er das Letzte Siegel gebrochen hat. Am Ende sieht man nun wie Sam und Dean an der Grabkammer stehen und ein weißer Lichtstrahl vom Boden hochstrahlt, welcher die Auferstehung Luzifers andeutet.

1. ---

(Lazarus Rising)

Nach vier Monaten in der Hölle ist Dean plötzlich frei. Er wacht in einem Sarg auf und steigt aus der Erde. Als er realisiert, dass es kein Traum ist, macht Dean sich auf den Weg zu Bobby und Sam. Diese können kaum glauben, dass Dean wieder frei ist. Doch sie stellen sich zu Recht die Frage wer oder was ihn befreit hat und was Dean als Gegenleistung zahlen muss...

Erstausstrahlung USA : Donnerstag, 18.September 2008
Autor: Eric Kripke
Regisseur: Kim Manners

2. ---

(Are You There God? It's Me, Dean Winchester)

11. ---

(Family Remains)

Sam und Dean untersuchen ein verlassenes Farmhaus in welchem ein Geist sein Unwesen treibt. Als kurz darauf eine Familie einzieht, versuchen die Brüder sie von dem Haus fern zu halten. Als das nicht klappt haben sie alle Hände voll damit zu tun, die Familie zu beschützen und den Geist zu suchen. Doch plötzlich ist der kleine Junge der Familie verschwunden...

12. ---

(Criss Angel Is A Douchebag)

Ein mysteriöser Todesfall treibt Sam und Dean in eine Stadt voller alter Zauberer. Ihre Nachforschung führt sie zu den drei Freunden Charlie, Jay und Vernon, die früher einmal berühmte Zauberer waren. Einer von ihnen wendet richtige Magie an, um die schwierigsten Zaubertricks zu schaffen und so wieder bekannt zu werden. Dean und Sam müssen den Schuldigen entlarven und diesen schnellstmöglich aufhalten...

13. ---

(After School Special)

14. ---

(Sex and Violence)

In der kleinen Stadt Bedford, Iowa ermorden drei Männer ohne ersichtlichen Grund ihre Ehefrauen. Sam und Dean untersuchen die Morde und stoßen auf einige Hinweise. Diese deuten darauf hin, dass eine Sirene ihr Unwesen in der Stadt treibt. Die Brüder müssen aufpassen, damit sie nicht selbst in den Bann der Sirene geraten...

15. ---

(Death Takes a Holiday)

In Greybull, Wyoming ereignen sich ein paar merkwürdige Vorkommnisse. Sam und Dean machen sich auf den Weg, um Genaueres herauszufinden. Da es sich scheinbar um einen Reaper handelt, benötigen sie die Hilfe von Pamela. Sie soll den Geist von ihren Körpern trennen, damit Sam und Dean den Reaper sehen können. Doch sie finden heraus, dass Alastair zurückgekehrt ist und den Reaper töten möchte. Damit will Alastair ein weiteres Siegel brechen, um Lucifers Begreiung ein Stück näher zu kommen. Können die Brüder den Reaper vor Alastair beschützen?

16. ---

(On the Head of a Pin)

17. ---

(It's a Terrible Life)

Sam und Dean arbeiten in derselben Firma, kennen sich aber nicht. Als zwei sonderbare Selbstmorde geschehen haben beide ein komisches Gefühl. Sam hat schon länger Albträume und träumt von Geistern. Dean hat einen Geist in der Herrentoilette gesehen. Zusammen versuchen sie die Situation zu analysieren und herauszufinden, wie sie den Geist los werden können.

19. ---

(Jump the Shark)

Sam und Dean erhalten einen Anruf von Adam Milligan. Er versucht John Winchester zu finden, weil er angeblich sein Sohn ist. Sam und Dean sind zunächst skeptisch, finden mit der Zeit aber heraus, dass Adam Recht hat. Adams Mum und ein Barbesitzer wurden entführt und die drei versuchen herauszufinden, wer oder was dahinter steckt. Dean entdeckt Hinweise, dass es sich um einen Ghoul handeln könnte...

20. ---

(The Rapture)

Castiel erscheint Dean in seinem Traum. Er muss Dean etwas wichtiges mitteilen und möchte sich mit ihm an einem sicheren Ort treffen. Als sich Sam und Dean auf den Weg machen um Castiel zu suchen, finden sie nur Jimmy vor, Castiels menschlicher Wirt. Er besitzt nur noch wenige Erinnerung an seine Zeit als Engel. Jimmy möchte zu seiner Familie zurückkehren, doch die Brüder danken, dass Jimmy in großer Gefahr ist...

21. ---

(When The Levee Breaks)

Dean und Bobby sperren Sam in Bobbys Schutzraum, um ihn von dem Dämonenblut zu reinigen, welches er getrunken hat. Als Bobby bemerkt, dass immer mehr Siegel gebrochen werden, möchte er Sam freilassen, damit er ihnen helfen kann. Dean widerspricht und bittet Castiel um Hilfe. Er überzeugt Dean für Gott und die Engel zu arbeiten - doch kurz darauf lässt Castiel Sam frei. Dean spürt seinen Bruder auf und es kommt zu einer Konfrontation...

22. ---

(Lucifer Rising)

Die Apokalypse steht kurz bevor, aber Sam und Dean gehen getrennte Wege. Sam schließt sich Ruby an und versucht Lilith zu töten. Währenddessen wird Dean von Castiel und Zachariah entführt, um seinen Teil beizutragen, Luzifers Auferstehung zu verhindern. Zachariah verrät Dean, dass die Engel nicht versuchen das letzte Siegel zu wahren. Vielmehr soll Dean Luzifer erst nach seiner Auferstehung besiegen. Zudem erfährt er von Castiel, dass Liliths Tod das letzte Siegel ist. Mit Mühe kann Dean Castiel davon überzeugen ihn freizulassen. Kann Dean die Apokalypse noch aufhalten?

Irgendjemand tötet Engel. Da Castiel und Uriel nicht wissen wer dahinter steckt, bitten sie Dean um Hilfe. Er soll Alastair foltern, um von ihm zu erfahren wer die Engel ermordet. Stattdessen enthüllt Alastair schockierend Informationen über Deans Vergangenheit in der Hölle.

Währenddessen sorgt sich Sam um Dean und beschließt ihm zu helfen. Doch um herauszufinden wo Dean sich befindet, benötigt Sam Rubys Unterstützung.

Am Ende spitzt sich die Lage zu: Alastair kann sich befreien und man erfährt, dass jemand aus den eigenen Reihen die Engel ermordet hat...

Sam und Dean untersuchen einen seltsamen Mordfall an ihrer alten Highschool. Anfänglich sieht die Sache nach einem Dämon aus, was sich aber bald als falsch herausstellt.

Während den Ermittlungen werden die Brüder von einigen Erinnerungen aus ihrer Zeit an der Highschool begleitet.

Bobby und die Winchester Brüder werden von Geistern aus ihren früheren Jagden heimgesucht. Doch Sam und Dean müssen sich zusammenraufen um Booby zu helfen.

Sind die Geister wirklich was sie scheinen, oder ist eine noch dunklere Macht am Werk?

Als Dean Besuch bekommt, wird so Einiges ein bisschen klarer...

Erstausstrahlung USA: Donnerstag, 25.September 2008
Autor: Sera Gamble
Regisseur:Philip Sgriccia

3. ---

(In the Beginning)

Castiel versetzt Dean 1973 in die Vergangenheit. Dean weiß anfangs nicht genau was er dort tun soll, doch schon bald trifft er auf seine Eltern. Ein wenig später nimmt er die Spur des gelbäugigen Dämons auf, den er am Ende der zweiten Staffel getötet hat. Nach und nach werden ihm immer mehr Dinge klar und er weiß schließlich was 1983 geschah, als seine Mutter starb...

Erstausstrahlung USA: Donnerstag, 2.Oktober 2008
Autor: Jeremy Carver
Regisseur: Steve Boyum

4. ---

(Metamorphosis)

Sam und Dean sind unterschiedlicher Meinung, als sie einem Mann auf die Spur kommen, der sich in ein fleischfressendes Monster zu verwandeln droht. Sie müssen ihn aufhalten, bevor er zum ersten Mal Menschenfleisch isst. Haben sie das Recht diesen Mann zu töten, ohne ihm Hilfe anzubieten? Oder retten sie viele, indem sie ihn töten?

5. ---

(Monster Movie)

Dean und Sam ermitteln in einigen Mordfällen. Das erste Opfer wurde mit Bissspuren am Hals gefunden, das zweite Opfer scheint von einem Werwolf getötet worden zu sein und das dritte Opfer wurde von einer Mumie ermordet. Dean kommt auf die einzig logische Erklärung - ein Gestaltenwandler, der alte Hollywood-Monster mag, treibt sein Unwesen.

6.---

(Yellow Fever)

Sam und Dean untersuchen die Tode von sehr gesunden Männern, die an einem Herzinfarkt gestorben sind. Es scheint so, als ob ihr Herz vor Angst stehen blieb.

Nachdem sie ein Opfer in der Leichenhalle besucht haben, bekommt auch Dean Angst vor ganz alltäglichen Dingen.

Sam und Bobby müssen die Quelle dieser mysteriösen Krankheit finden, bevor Dean an seiner Angst zu sterben droht ...

7. ---

(It's the Great Pumpkin, Sam Winchester)

Ein paar Tage vor Halloween untersuchen Sam und Dean zwei mysteriöse Todesfälle in einem kleinen Dorf. Die Brüder finden Zauber-Säckchen und nach gründlicher Recherche folgern sie daraus, dass eine Hexe die Leute geopfert hat, um einen gefährlichen Dämon namens Samhain herbeizufrufen.

8. ---

(Wishful Thinking)

Sam und Dean untersuchen in einer kleinen Stadt einen Wunschbrunnen, welcher tatsächlich zu funktionieren scheint. Ein lebender Teddybär, eine Person die im Lotto gewinnt und ein Streber mit einer heißen Freundin, alle scheinen glücklich zu sein. Doch den Winchester Brüdern wird klar, dass zwar jeder glücklich ist, alles in allem aber ein Chaos ausbricht...

9. ---

(I Know What You Did Last Summer)

10. ---

(Heaven and Hell)

Anna erinnert sich an ihre Vergangenheit. Nun verstehen auch Sam und Dean, warum Castiel und Uriel sie töten möchten. Dennoch versuchen sie Anna vor den Engeln zu beschützen. In der Zwischenzeit versucht auch Alastair Anna und die Winchester Brüder zu finden. Doch diese haben bereits einen Plan, um beide Gefahren loszuwerden ...

Sam und Dean erfahren von Ruby, dass der sehr mächtige Dämon Alastair ein Mädchen sucht. Anna kann die Gespräche der Engel hören. Die Winchester-Brüder machen sich auf den Weg, um Anna zu finden. Doch als sie sie in einer Kirche finden, werden sie von Alastair angegriffen. Ruby kommt zu Hilfe und kann mit Anna fliehen.

Dean denkt, dass Ruby ihnen eine Falle gestellt hat. Sam versucht daraufhin Dean zu überzeugen, dass Ruby auf ihrer Seite ist. Er erzählt Dean, wie Ruby ihm das Leben gerettet hat, während der Zeit als Dean in der Hölle war.

Castiel und Uriel kehren zurück, um Anna mit sich zu nehmen....

Castiel und Uriel - ein anderer Engel - erscheinen im Dorf und berichten den Brüdern, dass die Befreiung von Samhain eines der Siegel ist, die zu Lucifers Befreiung führen...